Для замены двигателя нужны следующие документы

• сертификат соответствия с приложением, в котором указано с какими моделями автомобилей имеет право работать организация выдавшая сертификат, а в сертификате должно быть указано какие виды работ разрешены, как-то замена номерных агрегатов.
• заявление-декларация, выдаваемое организацией производившей замену двигателя (кузова).
• характеристика транспортного средства после внесения изменений в конструкцию транспортного средства.
• акт выполненных работ.(то же выдаёт организация выполнявшая работы).
• заявление на внесение изменений в конструкцию транспортного средства, подаётся в
ГИБДД (при замене двигателя другой модели, например: был 21083 (карб), хотите поставить 21114 (впрыск). Если двигатель однотипный можно без заявления, но лучше написать, вопросов меньше задают, я всё в заявлении указываю (причину замены).
• справка из НАМИ разрешающая установку данной модели двигателя (если другая модель,
см. выше).
• квитанция об оплате выполненных работ.
• документы подтверждающие законность приобретения двигателя (кузова)

Когда будут собраны все документы и заменён двигатель (кузов) - едете на диагностику, и вам выдают диагностическую карту, подтверждающую наличие заменённого двигателя (кузова).

Потом едете в РЭО и заполняете заявление, как при регистрации, если меняете кузов, можете оставить свои старые номера. ГАЙ осматривает, ставит подпись, и вот тогда сдаёте все документы в окошечко. Квитанции и прочие док. как обычно.
Все чистые бланки есть в ГИБДД в тех. отделе

Можно поменять самому, а документы купить. Если будете выбраковывать двигатель или получать справку на высвободившийся агрегат, предоставлять двигатель в ГАИ нет необходимости.